Mateo Muñoz Hoyos nació el 16 de junio de 1993 en Medellín, Antioquia. El fútbol llegó por la familia. El volante es sobrino de los exfutbolistas Carlos Mario Hoyos, Alonso Hoyos y Jorge el ‘Torqui’ Hoyos. En el 2015, mientras entrenaba en la escuela de Alexis García, llamó la atención de unos buscatalentos españoles. Muñoz jugó seis meses ese año en el UD Somozas, club de la cuarta categoría del futbol ‘ibérico’.

En el 2016 regreso al FPC, fichó con Leones FC. El 10 de julio de ese año debutó con gol en la victoria 4-3 sobre Unión Magdalena. Al año siguiente se consolidó, fue titular en 39 oportunidades y marcó cuatro anotaciones. En el 2018 jugó poco tiempo con los ‘felinos’ ya que fue traspasado al Cúcuta Deportivo, equipo con el que logró el ascenso y alcanzó a jugar sus primeros minutos en primera división.

Muñoz volvió a Leones FC ese año y se ha mantenido como parte fundamental de la buena campaña del equipo de Itagüi en el Torneo BetPlay DIMAYOR I-2202.