El delantero nacido en Tierralta, Córdoba, se estrenó con los colores del Deportivo Cali en un partido. Para 2012 llegó a Cortuluá y en dos años, marcó 10 anotaciones. Después pasó por La Equidad, Livorno (Italia), Olimpo (Argentina) e Independiente Santa Fe.

Borja regresó al equipo ‘corazón del Valle’ en 2016, donde desató su poder ofensivo, anotó 22 goles en 25 encuentros y llegó hasta instancias semifinales del Torneo Apertura 2016. Al siguiente semestre, reforzó a Atlético Nacional, donde fue Campeón de Copa Colombia y Copa Conmebol Libertadores. Ese mismo año, representó al país en las eliminatorias al mundial de Rusia 2018.

Borja llegó a Palmeiras (Brasil) y ganó el campeonato “carioca”. Tres temporadas después, volvió a Colombia, firmó con Junior FC. Debutó e hizo gol frente a La Equidad en marzo de 2020. Ese año, el cordobés consiguió el título de Superliga y fue goleador de la Liga BetPlay DIMAYOR 2020 con 14 tantos.

En la Liga BetPlay DIMAYOR I-2021, ha sido implacable en el ataque de Junior FC y con su aporte, el equipo de Amaranto Perea, está próximo a disputar la semifinal frente a Millonarios FC.

Hoy, Miguel Ángel Borja Hernández, se viste con la tricolor nacional y es sinónimo de gol, alegría e ilusión.